Les causes les plus courantes sont habituellement des virus ou des bactéries. Mais la véritable origine se trouve souvent dans un manque de ventilation des sinus, lié à des facteurs mécaniques, immunologiques ou neurovasculaires dans ou autour des sinus.
Les causes possibles incluent : une dysfonction du système crânio-sacré (rythme et mobilité du crâne), des allergies (intolérance au lactose, au gluten, etc.), des traumatismes de la tête (chutes, coups), des dysfonctionnements hormonaux ou métaboliques (métabolisme trop élevé ou trop bas), des infections dentaires, des polypes nasaux ou un système immunitaire affaibli.